Unter dem Namen " Akademische Fliegergruppe im F.V.S. " löste sich 1926 eine Gruppe von 8 Mitgliedern unter Leitung von Wolf Hirth aus dem F.V.S. (Flugtechnischer Verein Stuttgart e.V.). Diese Mitglieder waren alle Angehörige der Technischen Hochschule und wollten Flugzeuge konstruieren und bauen anstatt ihre Zeit mit "Vereinsmeierei" zu vergeuden - was genau in dieser Weise auch heute noch für alle Akaflieger gelten dürfte. Die Akaflieger ließen damals sämtliche Flugzeuge, die Werkstatt sowie das Werkzeug im F.V.S. zurück, sie fingen vollständig von vorne an. 
Doch bereits 1928 war die Mitgliederzahl auf das Doppelte gestiegen, und die Gruppe besaß drei Segelflugzeuge und vier Motorflugzeuge. Die Akaflieg betrieb damals - im Gegensatz zu heute - wesentlich mehr Motor- als Segelflug. 
Nach der Machtergreifung Hitlers 1933 mußten die Motormaschinen abgegeben werden, und so beschäftigten sich die Akaflieger verstärkt mit Segelfliegen. Trotz veränderter politischer Verhältnisse konnte der Werkstattbetrieb sowie die Struktur der Gruppe auch in dieser Zeit erhalten werden.
Das erste von der Akaflieg konstruierte Flugzeug mit der Bezeichnung "fs", die fs 16 "Wippsterz", entstand 1936. Dabei wurde mit der Zahl 16 wohl deshalb begonnen, weil die fs 16 ungefähr 16m Spannweite hatte. "fs" ist das Kürzel für "Flugtechnische Fachgruppe Stuttgart", die damalige Bezeichnung der Akaflieg.
Während des zweiten Weltkriegs kam der Werkstatt- wie der Flugbetrieb durch die Einberufung der Mitglieder mehr und mehr zum Erliegen, dennoch wurde während dieser Zeit die fs 17, deren Pilot liegend im Flugzeug untergebracht war, konstruiert und gebaut. Die fs 18 war das erste Segelflugzeug mit Einziehfahrwerk und flog während des Rhönwettbewerbs 1938 zum ersten Mal. Die fs18b, die die bei einem Flugunfall Ende 1938 zerstörte fs 18 ersetzen sollte, konnte genauso wie die fs 20 infolge des Krieges nicht mehr gebaut werden. Mit der Zerstörung der Werkstatt in Stuttgart und der Flugzeughallen auf dem Hornberg 1945 ging das gesamte Eigentum der Akaflieg verloren.